التنظيم المالي:

• أموال المؤسسة أموال مملوكة لأصحابها من المؤمن عليهم وأصحاب المعاشات.
• تتبع المؤسسة نظاماً محاسبياً قائم على أسس المحاسبة التجارية الحديثة.
• إجراء الدراسات الاكتوارية بصفة دورية كل خمس سنوات.
• تخصص أموال المؤسسة لأداء حقوق المؤمن عليهم والمستحقين عنهم والمصاريف الإدارية المنصوص عليها بالقانون.

التنظيم الإداري:

يتكون الهيكل التنظيمي للمؤسسة من ثلاث مستويات وهي:

مجلس الإدارة.

رئاسة المؤسسة.

الإدارات العامة بالمركز الرئيسي والفروع والمكاتب التابعة للمؤسسة بالمحافظات.

تتشارك أطراف الإنتاج الثلاثة (الحكومة والعمال وأصحاب الأعمال) في عضوية مجلس إدارة المؤسسة على النحو التالي:

• وزير الخدمة المدنية والتأمينات                                           رئيساً
• وزير الشئون الاجتماعية والعمل                                           عضواً
• وزير الصناعة والتجارة                                                     عضواً
• رئيس المؤسسة العامة للتأمينات الاجتماعية                                عضواً
• اثنان يمثلان أصحاب الأعمال الخاضعين للقانون رقم (26) لسنة 1991م يتم اختيارهما من قبل الاتحاد العام للغرف التجارية والصناعية من بين أكبر عشرة من أصحاب الأعمال الخاضعين والملتزمين بتنفيذ القانون رقم (26) لسنة 1991م.                     عضوين
• اثنان يمثلان العمال من المؤمن عليهم في المؤسسة العامة للتأمينات الاجتماعية يتم اختيارهما من قبل الاتحاد العام لنقابات عُمال الجمهورية من العاملين مع اكبر عشرة من أصحاب الأعمال الخاضعين والملتزمين بتنفيذ القانون رقم (26) لسنة 1991م                               عضوين .
• مدير عام مكتب رئيس مجلس الإدارة (أمين سر مجلس الإدارة)                      مقرراً

يتولى مجلس الإدارة الاشراف على شؤون المؤسسة وأعمالها وتناط به لهذا الغرض الصلاحيات والمهام اللازمة وعلى الأخص ما يأتي:

• إقرار السياسة العامة للمؤسسة.
• وضع الخطة العامة لاستثمار أموال المؤسسة.
• الموافقة على مشروع الموازنة التقديرية للمؤسسة.
• الموافقة على الميزانية العامة والحساب الختامي السنوي للإيرادات والمصروفات.
• الموافقة على مشروعات اللوائح التي تنظم المسائل المالية والإدارية والفنية للمؤسسة.
• إبداء الرأي في مقترحات التشريعات الخاصة بالتأمينات الاجتماعية.